InternetExplorerを立ち上げて、[ツール]-[インターネットオプション]を選択します。

次にコンテンツタブの証明書ボタンをクリックします。

中間証明機関タブの中にあるApplicationCA2 Rootを削除します。

信頼されたルート証明機関タブの中にApplicationCA2 とApplicationCA2 Rootが存在していればＯＫ。

さらに、OfficialStatusCAが存在していればＯＫ。

閉じる→コンテンツタブでＯＫをクリックします。

これで再度eTaxを起動してメッセージBOXの内容が表示されるようになりました。